Nhà Trần thay thế nhà Lý bằng một cuộc đảo chính hoà bình qua hôn nhân. Như thế không gây một sự đảo lộn nào mà còn duy trì tất cả các chùa tháp vốn có trên nhiều miền quê và xây dựng thêm, nửa sau thế kỷ XIII, nhà Trần phải trải qua ba lần kháng chiến với Chăm–pa, kinh thành Thăng Long từng bị địch chiến và tàn phá, nhưng các chùa ở rải ra trong các làng quê rất ít bị ảnh hưởng. Có chăng là sau thời Trần, trong cuộc Minh thuộc kéo dài 20 năm, với chủ trương huỷ diệt văn hoá Đại Việt, chùa tháp mới bị chúng phá như còn ghi ở bia chùa Đợi (Hà Nam) và bia chùa Ngô Xá (Gia Định). Tiếp theo vào thời Lê sơ, do chính sách hạn chế Phật giáo của Nhà Nước, chùa cũ hư nát không được sửa chữa mà phải dồn gộp lại. Lại do thời gian từ thời Trần đến nay đã có trên 600 năm phủ lấp, bao biến cố do thiên nhiên và con người gây ra đã tiếp tục phá hoại di tích. Với những lý do trên, từ đầu thế kỷ XV trở đi, chùa tháp thời Trần liên tục bị phá huỷ. Ngày nay chúng ta phải tận dụng mọi nguồn tư liệu thư tịch và điền dã.

Sử cũ nhắc nhiều đến những bài bia do Lê Quát và Trương Hán Siêu soạn, ở bia chùa Thiệu Phúc Thôi Bái (Bắc Giang), Lê Quát viết: “nhà Phật lấy chuyện hoạ phúc để cảm động lòng người, sao mà cảm phục được người ta sâu và bền vậy! Trên từ Vương công, dưới đến thường dân, phàm là đóng góp cho việc nhà Phật, thì dù có dốc hết tiền cũng không tiếc. Giá như hôm nay gửi gắm được gì vào tháp chùa thì hớn hở như thế cần được khế khoán trong tay, để ngày mai được báo đáp…

Từ trong kinh thành cho đến ngoài châu phủ, kể cả những nơi thôn cùng ngõ hẻm, không bảo mà người ta cứ theo, không hẹn mà người ta cứ tin, hễ nơi nào có nhà ở là ắt có chùa chiền, bỏ rồi lại dựng, hỏng rồi lại sửa, số chiêng trống lâu đài chiếm gần hết một nửa cửa dân cư. Đạo Phật rất dễ thịnh và rất được người ta tôn sùng”. Còn Trương Hán Siêu ở Bài Ký tháp Linh tế núi Dục Thuý (ninh Bình) đã xác nhận: “Ta bảo rằng Thích Già và Lão Tử lấy tâm không chứng đạo nhân tu. Sau khi tích diệt đến lúc đời cuối, nhiều người phụng đạo Phật để cổ hoặc chúng sinh. Thiên hạ chia làm 5 phần, thì chùa chiếm 1 phần.

Chùa tháp Linh tế vốn có từ thời Lý, nhưng khi Trương Hán Siêu đến thăm thì “chỉ thấy ngói vỡ nền đổ, vùi dập ở sỏi đá bụi rậm”, nhưng rồi năm 1137 đã dựng lại với quy mô rất lớn: Tháp cao như “Bám rễ từng mây, chồng nằm đá từ một tấc lên đến một thước, từ một thước lên đến mộ nhân, một bước tiến thêm một bước, một trùng cao lên một trùng, cho đền lúc nguy nga đặc lập, hình thế ngất trời, tăng vẻ tráng quan cho non nước, cùng với tạo hoá mà tranh công”, ở đây không thấy sự trợ giúp của triều đình, chỉ do một nhà sư đứng ra tổ chức, nhưng không hẳn là chùa tháp của làng, nó gắn với thắng cảnh đặc biệt là núi non nước soi bóng xuống dòng sông đáy và do đó ngay khi ấy đã là một tài sản quốc gia.

Trong khi đó, Nguyễn Lưu ở bài Bia Viện Diên Phúc khắc năm 1328 hiện chùa thôn Che (Hà Tây), cho biết nơi đây chẳng những là chùa thờ Phật mà còn là tu viện Phật giáp với một mặt bằng được bố cục cân đối: “Hàng rào xung quanh, trúc tía um tùm. Viện ở giữa cảnh ấy còn truyền ngọc điện đường đường, lớp lớp lô nhô, khói sương quấn quýt (có thể) xứng uy rồng đáng phương … Đằng sau là phòng tăng, thầy tu ngồi yên điều tức luyện tâm … Đằng trước là (…) nơi dẫn đường mở lối huyền cơ yếu chỉ. Hai bên tả hữu là hồi lang, ở đó đông đúc người nghe kinh Phật”.

Như vậy chùa tháp thời Trần ở vùng xa dân thì chùa lại có xu hướng hoà đồng vào thiên nhiên, lấy cảnh trí mái đá cây cối làm chỗ tu hành. Câu chuyện đầu thời Trần (vào năm 1236 hay 1237?) vua Trần Thái Tông trốn lên núi Yên Tử đã nói với nhà sư Trúc Lâm Đạo Viên: “Trẫm muốn vào núi là chỉ cần làm Phật, chứ không cần gì khác”. Nhưng sư Trúc Lâm Đạo Viên đã trả lời “Núi vốn không có Phật, Phật chỉ có ở trong tâm, tâm lặng lẽ mà biết, ấy là Chân Phật” và khi Trần Thủ Độ không mời được vua về kinh đã sai cắm mốc chăng dây chi thành hàng ngũ ở trong núi, phòng theo kích thước ở kinh thành bắt thợ xây dựng. Thấy thế, sư Trúc Lâm Đạo Viên bèn xin với nhà vua: “Bệ hạ nên sớm quay loan giá về kinh thành, không nên để họ làm hại đến núi từng của đệ tử này”. Đây là chùa Yên Tử ở đầu thế kỷ XIV, trước rất nhiều khi vua Trần Nhân Tông dời ngai vàng điện ngọc đến đây lập thiền phái Trúc Lâm.

Những ghi chép của thư tịch trên đây lại được tài liệu điền dã với những chứng tích vật thể bổ sung. Đúng ra cho đến hôm nay chúng ta chưa tìm được một ngôi chùa nào của thời Trần còn nguyên vẹn, nhưng những bộ phận còn lại vẫn giữ nguyên vị trí đã cho chúng ta hình dung lại quy mô và bố cục xưa, điển hình là chùa Phổ Ninh (Nam Định) dựng năm 1262 ở cạnh Tức Mặc phục vụ cho bộ phận hoàng gia đi theo Thái Thượng Hoàng về cung Thiên Trường: Mở đầu là Tam quan vẫn còn những con sấu, lân đá làm thành bậc, sau Tam quan là con đường chạy giữa hai giếng mắt Rồng để vào sâu. Trên sâu có một số bia đá cột kinh Phật. Giữa sân là cây tháp đá cao hơn 20m, đế và tầng dưới bằng đá, những tầng trên bằng gạch. Tháp gồm 14 tầng nhưng thật ra 3 tầng trên mới xây dựng lại ở đầu thế kỷ XX, nên nguyên xưa có thể chỉ có 11 hoặc 13 tầng, tỷ lệ chiều cao so với cạnh chân chừng 1/4, cuối sân là khu Tam bảo đã dựng lại ở thời Nguyễn, vẫn giữ mặt nền cao, trước hiên nhà Tiền đường còn những cặp Rồng đá thành bậc, và cửa chính của Tiền đường vẫn giữ được bộ cánh cửa chạm Rồng.

Chùa Bình Sơn (Vĩnh Phúc) chỉ còn giữ được cây tháp gốm ở giữa sân dựng vào những năm cuối chót thế kỷ XIV, tuy không còn đầy đủ các tầng vẫn cao chừng 15m gần đây gấp 4 cạnh chân. Cây tháp này là một bộ phận của chùa như tháp Phổ Minh.

Chùa Dâu (Bắc Ninh) vừa tồn tại trong truyền thuyết do Trạng Nguyên Mạc Đĩnh Chi cho xây dựng với cầu 9 nhịp, tháp 9 tầng và chùa 100 gian, vừa tồn tại trên thực địa phần nào phù hợp với truyền thuyết: Cầu bắc qua sông Dâu, để vào Tam quan ngày nay đã mất. Tháp ở sâu vẫn còn giữ được cặp sấu/ lân đá bậc cửa nhưng đã xây lại năm 1738 bằng gạch Bát Tràng để mộc bậc. Nhà Tiền đường và Thiên hương đã làm lại ở thời Nguyễn để dẫn lên toà Thượng điện vẫn giữ được kiểu thức cơ bản của thời Trần. Chùa Bối Khê (Hà Tây) và chùa Thái Lạc (Hưng Yên) cũng đều còn giữ được toà Thượng điện có khung 1 gian 2 mái, mái lan xuống thấp, các góc đao uốn cong, toàn thể giống bông hoa sen. Xung quanh chùa bưng ván gỗ đố lụa, có thể nguyên xưa để trống. Sức chịu đựng ở đây là các cột truyền xuống nền, không cần móng. Vì nóc là kiểu giá chiêng lồng ván là đề, hai bê trụ là rường. Các bộ phận đều lực lưỡng và do đó được làm “nhẹ” đi bằng cách phủ lên nhiều hình trang trí. Ở chùa Thái Lạc còn có nhiều bức cốn trên các xà vách được chạm rất vui mắt.

Ngoài ra còn có thể biết được chừng dăm chục ngôi chùa nữa có dấu vết thời Trần, biểu hiện ở những con rồng hoặc sấu, lân đá ở trước Tiền đường hoặc bệ đá hoa sen khối hộp ở trong nhà Thượng điện nhiều bệ ghi rõ niên đại tuyệt đối, tập trung vào vài mươi năm cuối thế kỷ XIV.

Ngoài khơi khá xa, trên đảo Thừa Cống trong vịnh Bái Tử Long (Quảng Ninh) đã phát hiện được nền của Chùa Lấm với mặt bằng thống nhất với nhiều chùa thời Trần đã biết: Ngoài sân chùa, sau sân là nhà Tiền đường, cách một khoảng sân hẹp có thể xưa có nhà cầu kiểu ống muống làm nhà Thiên hương dẫn lên nhà Thượng điện cao nhơn nền gần vuông để dựng 1 gian hai chái. Sau Thượng điện là sân rồi đến nhà Hậu đường mà hầu hết các chùa ở trong đất liền đều có nhưng đã dựng lại ở thời Nguyễn.

Tổng hợp tư liệu thư tịch và tư liệu điền dã, có thể hình dung một mặt bằng cơ bản của chùa thời Trần. Từ những chùa sớm ở giữa thế kỷ XIII đến những chùa muộn ở cuối thế kỷ XIV, cả mặt bằng trải ra khá rộng, ngoài cùng là Tam quan, sau đó đến con đường Nhất chính đạo nằm trên trục kiến trúc; cuối đường là sân chùa có thể có một cây tháp Phật ở giữa sân, sau sân là khu Tam bảo với ba toà nhà liền nhau để có thể tạo một không gian nội thất chung là toà Tiền đường dàn ngang, rồi đến toà Thiên hương chạy dọc, cuối cùng là toà Thượng điện 1 gian 2 chái ở trên nền cao. Phía sau chùa có thể có nhà Hậu đường.

Từ đặc trưng chung của mặt bằng kiến trúc chùa thời Trần, soi vào tổng khu chùa trên núi Yên Tử, chúng ta có thể nghĩ đến một sơ đồ khái quát. Chùa Yên Tử thế kỷ XIV là trung tâm Phật giáo Trúc Lâm mà Vua Trần Nhân Tông là Tổ thứ nhất được xem là Đức Phật tái thế, phải có một diện mạo mới khác với thời thiền sư Trúc Lâm Đạo Viên ở đầu thế kỷ XIII. Gắn với truyền thuyết  về Vua Trần Nhân Tông ròi ngai vàng, rũ sạch  bụi trần, giải thoát cho các cung tầng mỹ nứ để lên núi cao tu luyện… thì tổng thể là cả một khu vực dài rộng từ chân núi lên đỉnh núi, có cây rừng tự nhiên, có hàng Tùng được trồng và trong từng khu chùa cụ thể, có thể nối nhau thành chuỗi dài, cũng có thể chạy ngang với những nhánh phụ, và từ nhánh phụ lại có đường mòn khác dẫn vào nhánh chính. Đó là một kiến trúc mở, không có đường biên cụ thể, do đó từ sân chùa lan toả tự nhiên vào rừng cây mà trở nên trải rộng vô biên. Đây cũng là tinh thần của Phật giáo Trúc Lâm: “ôHoàuang đồng trần”, đem ánh sáng Phật pháp tinh khiết hoà vào cõi trần ô trọc để làm cho tất cả sinh linh đều được giác ngộ. Nói chung từng khu chùa chỉ khoanh trong những mặt bằng hạn hẹp của tự nhiên cho phép, do đó kiến trúc không lớn và đơn giản, để nó không xâm hại đến núi rừng. Nhưng là trung tâm dòng Thiền duy nhất của thời Trần, vậy phải có một ngôi chùa chính khá khang trang, do biết kết hợp những mặt bằng nho nhỏ gần nhau, biết gắn kết những công trình kiến trúc đã có (cơ bản là các nhóm tháp mộ sư sư thời Lê) với nhau. Đó là khu chùa Hoa Yên, chùa này cần có Tam quan từ khoảng nhóm tháp Ngọc, rồi theo đường Nhất chính đạo xuyên qua tháp Tổ dẫn đến khu Tam bảo là khu chùa Hoa Yên hiện nay: Sau khoảng sân hẹp là các toà Tiền đường – Thiên hương –Thượng điện gắn kết với nhau theo chữ Công (|).Thượng điện chỉ cần 1 gian 2 chái trên một nền gần vuông và được chạm phỏng theo những bức chạm thời Trần. Hai bên nên có hành lang mở, và khoảng đầu ngoài của hành lang mỗi bên nhô lên một lầu nhỏ làm gác chuông (bên trái, trong nhìn ra) và gác khánh hay gác trống (bên phải). Nối đầu trong của hai hành lang là một dãy nhà Hậu đường cơ bản phục vụ sinh hoạt của tăng, ni. Tất nhiên phải có thêm khu nhà tiếp khách của cơ quan và nhà cho cán bộ cơ quan (tức Ban quản lý di tích Yên Tử) làm việc, nên xây lệch về bên trái (trong nhìn ra) là nơi đất rộng và là nơi tập kết lên chùa Đồng hoặc sang chùa Một Mãi. Khu nhà này nội thất có thể hiện đại, song ngoại thất vẫn nên theo kiểu truyền thống để nó hoà nhập với toàn cảnh.

Cuối cùng là rất cần giữ gìn, chăm sóc hệ thống cây cổ thụ đã có, và trồng bổ sung cây mới để sau này sẽ thay thế cây cũ. Trên đây là vài gợi ý dựa vào vốn văn hoá kiến trúc của cha ông.